1.为什么要在Windows上安装GROMACS？

简单版回答：因为很多人习惯用Windows。

详细版回答：我所做的教程面向新手用户群体，他们大多数是没有使用过Linux的。虽然在Windows上使用GROMACS的操作和在Linux里一模一样，但至少不用费劲去装双系统。装双系统有风险，如果是比较特殊的电脑（如surface），很可能安装失败或者装不上去等各种幺蛾子。在这种情况下使用Windows原生版本GROMACS就是最好的选择。

2.怎么在GROMACS里打开文件？

简单版回答：不用打开，按照教程输命令敲回车就可以了。

详细版回答：其实命令行里面配置输入文件的选项-f等，就等于是让GROMACS打开对应文件进行处理了，只不过你没有那种在WindowsGUI（图形用户交互界面）点选“打开文件”的感觉。做多了就习惯了。

3.Win下怎么查看GROMACS的参数/配置文件？

简单版回答：简单文本编辑器随便搞一个就行，VScode，甚至Windows自带的文本文档都可以。

详细版回答：VScode还有人不知道吗？我之前出了那么多个视频说这个小软件到底有多好用，插件一装功能通天，从可视化PDB到查看Autodock对接结果到显示代码颜色啥都能干，关键还是微软自家软件。

4.为什么我的电脑明明有显卡，GROMACS却提示找不到GPU？

简单版回答：不是NVIDIA显卡/显卡硬件状态有问题/显卡驱动没更新。

详细版回答：如果你们的电脑是笔记本电脑，那是一定会有核显（CPU带的一张小显卡，厂家和CPU的厂家一致）的。问题是，核显不会是NVIDIA，因为大多数人的电脑CPU要么是Intel要么是AMD。然而，我们已经预编译好的GPU加速版本是使用CUDA nvcc编译器编译的，而CUDA是属于NVIDIA的概念，所以用这个编译器编译出来的GPU加速软件只能放在NVIDIA GPU上跑。如果你想放在Intel GPU或者AMD GPU上跑，请用这两家显卡对应的编译器重新从源码编译软件。至于显卡硬件状态问题，这种情况对笔记本电脑来说偶有发生（我就遇到过），检查方法是打开设备管理器（win10或win11搜索栏直接搜），看到里面的“显示适配器”图标上面是否有一个黄色三角感叹号图标，如果有就说明这个设备运转不正常。更大的可能性是显卡驱动没更新，上英伟达官网更新一下就行了，https://www.nvidia.cn/geforce/drivers/，进去选择你的显卡型号（看显卡型号用steam就可以了），然后下载安装NVIDIA Studio 驱动程序 - WHQL。注意最好不要下载GeForce Game Ready 驱动程序，因为这里面的玩意更新是需要科学上网的。实在是不知道怎么下载的话，加入我的腾讯微云共享组https://share.weiyun.com/DLpJ6hKQ-g，在里面找驱动程序。

5.只能用NVIDIA显卡来加速吗？

简单版回答：对。

详细版回答：和上面的答案一样的。我们已经预编译好的GPU加速版本是使用CUDA nvcc编译器编译的，而CUDA是属于NVIDIA的概念，所以用这个编译器编译出来的GPU加速软件只能放在NVIDIA GPU上跑。如果你想放在Intel GPU或者AMD GPU上跑，请用这两家显卡对应的编译器重新从源码编译软件。

6.AVX指令集和GPU是什么关系？

简单版回答：没有关系。

详细版回答：AVX/AVX2指令集是属于CPU的指令集，和GPU没有关系，不要搞混。要查看电脑是否支持AVX/AVX2指令集，用steam就可以了。

7.我能不能用Windows上安装的Linux虚拟机来跑GPU加速的GROMACS？

简单版回答：能，但有Windows原生版的放着不用，跑去搞虚拟机走弯路？

详细版回答：虚拟机有两种，一种是能够直接和硬件沟通的，这种虚拟机性能极好，但开启后虚拟机和宿主机会同时成为虚拟机（对，宿主机也会成为虚拟机），所以对宿主机的性能会有影响（我笔记本电脑实测，性能下降将近20%），代表为Windows WSL2。另外一种就是经过一层转译之后抵达硬件，这种方法不会让宿主机成为虚拟机，因此不会让宿主机性能下降，但虚拟机的性能很差，这种虚拟机就完全不推荐拿来跑任何东西了。如果是第一种虚拟机，理论上来讲是可以装GPU加速的，但我并没有测试过。因为，咱都直接有Windows原生版GROMACS了，为啥还要绕那个弯路呢？

8.我能不能买苹果电脑来做GROMACS？

简单版回答：不能。

详细版回答：能，但既然问出这种问题就说明你没有用苹果电脑的能力，所以我说不能。因为凡是能用MAC系统做这些开源软件的都是高端玩家，他们懂得自己编译MAC可用的软件。MAC系统本来用户量就在Windows、Linux之下，所以你可以找到的现成教程非常少。如果你说你想买MAC电脑装Windows系统来做GROMACS，那抱歉我只能直接骂你傻。苹果电脑的硬件和软件高度匹配，芯片早已不再用英特尔的CPU，显卡也不是简单的单张独立大显卡，而是AMD的类似多张小显卡组成的显卡阵。首先GROMACS就不适合用于多显卡并行，其次你得自己编译适用于苹果M1核心和AMD显卡的GROMACS，如果不会，那说明段位不够，还到不了能玩转苹果电脑的程度。